Em seu artigo, publicado em UFO 10, Milton Cooper chega ao ponto de fazer a bizarra acusação de que o presidente Kennedy foi assassinato por seu próprio serviço de segurança, a mando da poderosa organização para-governamental Majestic-12 (ou MJ-12). Segundo Cooper, esta entidade decidiu silenciar Kennedy de maneira tão drástica devido ao fato de que o presidente sabia demais e estava disposto a contar o que se passava para a população norte-americana e o mundo, o que seria um choque sem precedentes para aquele país.
Por outro lado, outros personagens que divulgaram informações semelhantes às de Cooper, inclusive John Lear, Kennedy também foi assassinado para que o MJ-12 pudesse mostrar para as forças opositoras ao seu regime extra-democrático o seu verdadeiro poder e sua capacidade extrema de ação. Assassinar um dos mais queridos presidentes norte-americanos em praça pública seria, caso a versão de Cooper e Lear seja verdadeira, é claro, deixar nítida uma imensa capacidade destrutiva. Vejamos o que Cooper declara sobre a morte de JFK em determinado trecho de seus documentos:
“… Kennedy descobriu alguns fatos em relação ao comércio ilegal de drogas para financiar as operações conjuntas ETs-EUA e deu um ultimato ao MJ-12, em 1963, ameaçando seus integrantes: se estes não esclarecessem o problema, ele mesmo o faria. Kennedy também informou ao MJ-12 sobre sua intenção de revelar ao público americano (e mundial) a presença dos ETs na Terra. No ano seguinte, ordenou o desenvolvimento de um plano para complementar sua decisão mas, como não era membro do seletíssimo e obscuro Conselho de Relações Exteriores, nada sabia sobre os programas Alternativas 2 e 3.”
“A decisão de Kennedy em revelar o segredo, amedrontou os membros da chefia de cada um dos projetos em andamento. Assim, foi ordenado seu assassinato, decidido pelo próprio Comitê Diplomático do MJ-12. A ordem foi cumprida por agentes do órgão em Dallas, no Texas. O presidente foi morto pelo agente que dirigia seu carro no desfile, e o ato – o momento do crime – está plenamente claro no filme (acompanhe as atitudes do motorista, não as de Kennedy, quando assistir novamente ao filme).”
“Todas as testemunhas que estavam bem perto do carro e viram o agente Willian Greer (o chofer) atirar em Kennedy. foram assassinadas até 2 anos após o acontecido. A Comissão Warren, criada para investigar as circunstâncias do assassinato de Kennedy, foi uma farsa.”